동물구호 분야 공익법인 A단체는 경기도 지역에 주택 3채를 보유하며 동물보호시설로 활용하고 있다. A단체는 지난달 19일 국세청으로부터 종합부동산세(종부세)와 농어촌특별세를 더해 6500만원가량의 세금을 고지받았다. A단체를 다주택자로 분류해 6%의 종부세율을 적용한 것이다. A단체는 지난해만 하더라도 종부세 및 농어촌특별세 약 100만원 정도만 냈었다.
1년 사이에 세금이 60배 넘게 뛰자 A단체는 세무당국에 이달 중순 보유 주택이 공익법인 소유 시설이라는 점을 뒤늦게 소명했다. 국세청은 이를 받아들여 다시 500여만원의 세금을 부과했다. A단체 관계자는 30일 “감면이 없었다면 매년 세부담으로 인한 운영난을 걱정할 상황이었다”고 말했다.
정부가 지난해 종부세 제도를 개편한 여파와 부작용이 공익법인들에도 미치고 있다. 세무당국이 제도 변화를 잘 몰라 정해진 기간 내 특례 신청을 하지 않은 공익법인들까지 일단 ‘투기세력’으로 묶어 과도한 종부세를 부과하는 사례가 다수 발생하고 있는 것이다. 국세청은 뒤늦게 추가로 특례 신청을 받아 수백만~수천만원의 세금을 감면해 주고 있지만, 여전히 이를 인지하지 못한 법인들은 감면 혜택을 받지 못한 상황이다.
정부는 지난해 8월 법인 종부세율을 2주택 이하는 3%, 3주택 이상은 6%를 적용하기로 했다. 다만 공익법인에 한해서는 개인에게 적용되는 일반세율(0.6∼6.0%)을 적용하고 6억원 기본공제 및 세부담 상한을 적용받을 수 있도록 하는 특례 제도를 마련했다. 단 특례를 적용받기 위해서는 올해의 경우 지난 9월 16~30일 특례 신청을 공익법인이 직접 해야 했다.
그런데 일선 세무서에서도 공익법인을 상대로 개별 안내를 하지 않아 상당수 공익법인들이 기간 내 신청을 하지 못했다고 한다. 이런 공익법인들에 지난달 특례가 적용되지 않은 종부세 고지서가 날아들었고, 투기와는 무관함에도 갑자기 불어난 세부담을 안게 된 곳이 속출하게 된 것이다.
국세청은 지난 1일부터 15일까지 공익법인을 위한 특별 신청창구를 운영했으며, 이 창구를 통해 여러 공익법인의 세액이 줄어들기는 했다.
서울에서 청소년 자립시설을 운영하는 B단체는 지난해 ‘0원’이던 종부세가 올해 약 700만원으로 뛰었고, 경기도에서 청소년보호시설을 운영하는 C단체도 돌연 500여만원의 종부세를 부과받았다가 모두 공익법인 특례 대상이 된다는 점을 소명하고나서야 세금을 감면받을 수 있었다.
국세청 관계자는 “제도 변화 첫해이다 보니 일부 혼란이 발생했다”며 “향후 적극적으로 특례 제도를 홍보해 올해와 같은 문제가 재발하지 않도록 하겠다”고 말했다. 김덕산 한국공익법인협회 회계사는 “제도 변화가 급격하게 있었던 만큼 국세청이 파악하고 있는 공익법인 전체에 대해 별도 신청이 없어도 감면을 적용하는 등의 보완이 필요하다”고 했다.
전성필 기자 feel@kmib.co.kr