[교회와 세금] 교회에 임대한 상가건물 기증 한다면?

Q : 교회 행정 업무를 담당하고 있는 장로입니다. 저희 교회가 교회 부근의 상가건물 한 채를 보증금 3억원에 빌려 주일학교 교육관으로 사용하고 있습니다. 그런데 건물주가 우리 교회에 출석하면서 교육관으로 쓰고 있는 상가건물을 기증하고 싶다고 알려왔습니다. 참고로 이 건물주는 건물을 매입할 때 부가가치세는 환급을 이미 받았다고 합니다. 또 교회에서 지급한 임대보증금 3억원은 교회에 돌려주지 않는 조건으로 상가건물을 기증한다면 어떤 세금 문제가 발생하는지요.

A : 먼저, 상가건물을 증여하신 건물 주인은 당초 건물 매입 시 이미 부가가치세를 돌려받았고 소유권을 교회로 이전하면 기증하신 부분에 대하여 부가가치세를 납부해야 합니다(부가가치세법 제17조 제5항, 시행령 제49조 제2항).

또 당초 교회에 건물을 빌려줄 당시 3억원의 임대보증금을 받았으나 교회에 기증할 때 이를 반환하지 않는 조건으로 기증하는 경우에는 상가건물 전체 평가액 중 임대보증금(3억원)이 차지하는 비율만큼에 대해서는 기증이 아니라 대가를 받았기 때문에 이 부분에 대해 부가가치세와 양도소득세를 부담해야 합니다(참고로 이때 물어야 할 부가가치세와 양도소득세는 조금 복잡한 산식에 따라 계산됩니다).

반면에 상가건물을 기증받은 교회에서는 기증받은 상가건물을 다음과 같은 조건을 갖춘 경우에 별다른 세금이 없습니다.

첫째, 기증받은 날로부터 3년 이내에 교회의 고유 목적사업에 직접 사용한 때.

둘째, 기증받은 상가건물을 도중에 매각하게 될 경우에는 매각대금의 90% 이상을 3년 이내에 교회 본래의 목적에 맞게 사용할 때.

만약 위 조건을 갖추지 못한 경우에는 교회 본래 목적 기준 금액에 못 미치게 사용된 부분에 대해서만 증여세를 부담하게 됩니다만 지금까지 교육관이라는 교회 본래 목적으로 사용하였고 앞으로도 계속 목적에 맞게 사용하실 것으로 보아 세금 문제는 걱정 안 하셔도 될 것 같습니다. 또 질의하신 내용과 같이 비영리법인인 교회 명의로 소유권 이전 등기를 하고 교회 본래 목적에 사용하신다면 취득세나 재산세 같은 지방세 걱정은 안 하셔도 될 것 같습니다.

그러나 만약 교회에서 기증받은 상가건물을 교회법인 명의로 등기하지 아니하고 담임목사님이나 성도 개인 명의로 등기를 하는 경우에는 국세(國稅)인 증여세와 지방세(地方稅)에 해당하는 취득세나 재산세를 부담하게 됩니다.

조용근 장로

●크리스천의 세무 문제와 관련 궁금한 점을 이메일(ykcho@seoksung.co.kr)로 보내 주시면 세무법인 ‘석성’ 조용근 회장(전 대전지방국세청장·새로운교회 장로)이 알기쉽게 답변해 드립니다.