정부가 기업의 연구개발(R&D) 장려를 위해 연간 수조원씩 세금을 깎아주는 세액공제 제도가 비양심적 업체들에 의해 악용되는 사례가 늘고 있다. 국세청은 지난해 베껴 쓴 논문과 공식적으로 인정받지 않은 연구소 등을 통해 R&D 세제 혜택을 누린 기업 864곳을 적발해 270억원을 추징했다고 20일 밝혔다.
이 세액공제 제도는 기업의 기술 축적과 우수 인력 확보를 위해 연구·인력개발비 중 일부에 대한 법인세와 소득세를 공제해주는 제도다. 일반 기술은 최대 25%, 신성장·원천기술은 최대 40%, 국가전략기술은 최대 50%까지 공제받을 수 있다. 전체 세액공제 규모는 2021년 2조7300억원, 2022년 3조7200억원, 2023년 4조6000억원으로 조세특례제한법 상 조세지원제도 중 지출 규모가 가장 크다. 정부는 지난해 R&D 예산 삭감을 통해 구조조정을 단행한 바 있지만 이 제도는 건드리지 않았다.
적발된 R&D 세액공제 악용 사례는 수법이 각양각색이다. 재활의학병원을 운영 중인 A업체는 R&D 활동으로 지출한 연구원 인건비 수천만원에 대해 ‘연구·인력개발비 세액공제’를 신청했다. 이 업체와 같은 중소기업의 경우 일반 연구·인력개발비 세액공제율은 지출액의 25%이다. 중소기업 입장에서 작지 않은 규모다.
하지만 A업체가 제출한 연구보고서는 날조된 것이었다. 국세청 검증 결과 이 업체는 다른 논문을 그대로 표절하면서 수치만 조금 바꿔 제출한 것으로 확인됐다. 더욱이 해당 연구보고서는 직접 작성하지 않고 ‘브로커’격인 컨설팅업체에 용역을 줘 만든 것으로 드러났다. 국세청은 공제한 세액을 전액 추징했다.
B업체는 R&D 활동에 지출한 인건비 수천만원에 대해 연구·인력개발비 세액공제를 신청했다. 그런데 국세청 검증 과정에서 이 업체가 제출한 ‘연구소 인정 서류’가 허위인 것으로 드러났다. 국세청이 연구소 인정기관인 한국산업기술진흥협회에 문의한 결과 B업체는 연구소 인정을 자진 취소한 뒤 재신청하지 않은 상태였다. 관련 문서를 조작해 제출했던 것이다.
일반 직원을 연구원으로 등록해 부당 공제를 받은 사례도 있었다. 교육서비스업을 하는 C업체는 연구개발 활동에 지출했다며 연구원 인건비 수천만원에 대해 연구·인력개발비 세액공제를 받았다. 하지만 연구원이라고 한 이들은 기획·홍보 등 관리지원업무를 수행하는 강사와 일반직원들이었다.
부당공제 적발 건수는 2021년 155건에서 2022년 316건, 2023년 771건으로 계속 늘고 있다. 추징 세액도 2021년 27억원에서 지난해 270억원으로 3년 만에 10배가 증가했다. 국세청이 매년 부정 여부를 점검하는데도 부당공제 사례가 늘고 있어 제도 자체에 허점이 있다는 지적이 나온다. 국세청 관계자는 “국내에 등록된 연구소가 8만개 정도인데 주로 작은 곳에서 문제가 생긴다”며 “단속을 강화할 것”이라고 말했다.
세종=신준섭 기자 sman321@kmib.co.kr
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